El sistema inmune posee la potencialidad de reconocer en forma específica a una gran cantidad de determinantes antígénicos distintos. Estas múltiples especificidades se conocen como repertorio idiotípico y radican en la zona variable de los receptores para antígeno presentes en los linfocitos. Cada linfocito en particular tiene receptores capaces de reconocer una sóla especificidad o sea una sola conformación molecular determinada.

La gran diversidad que caracteriza y hace eficiente a la inmunidad adaptativa surge durante la maduración de linfocitos T en el timo y de linfocitos B en médula osea a través de un proceso denominado "educación linfocitaria".

Los linfocitos T proliferan, se diferencian y adquieren inmunocompetencia en el timo a partir de células madre originadas en el saco vitelino y provenientes de médula ósea. La especificidad de los distintos receptores para antígeno (TCR) surge por recombinaciones al azar de los genes que codifican sus cadenas constituyentes. Además, en el timo se diferencian dos grandes subpoblaciones linfocitarias, CD8 y CD4, las que cumplirán papeles distintos en la respuesta inmune adaptativa.

Durante la maduración de linfocitos T, las células en desarrollo interactúan estrechamente con células del estroma tímico y sus productos solubles. Las células del estroma tímico forman microambientes que influyen en la expresión de diversas moléculas que denotan el estado de diferenciación linfocitaria. El estroma incluye un epitelio subcapsular, un epitelio cortical y un epitelio medular. En la región corticomedular existen células interdigitantes y macrófagos. Las células del estroma tímico expresan moléculas codificadas por MHC clase I y II.

Los linfocitos inmaduros, al ir migrando desde la corteza hacia la médula, van contactando estas moléculas MHC-Ag mediante su TCR. A raíz de este contacto y por influencia de hormonas tímicas, se produce la selección de especificidades que conformarán el repertorio idiotípico del individuo.

Este repertorio incluye poblaciones de linfocitos T con TCR alfa/beta y marcador CD8+, T con TCR alfa/beta y marcador CD4+ y T con TCR gamma/delta con especificidades para una gran cantidad de determinantes antigénicos (¸ 109 ). En condiciones normales, este repertorio está mayoritariamente formado por linfocitos que reconocen MHC propio con péptido ajeno lo que asegura en parte, una tolerancia a antígenos propios.

La selección del repertorio idiotípico se basa en el contacto de los TCR ubicados en la membrana de los linfocitos con moléculas MHC clase I y II expresadas en las células del estroma tímico que están presentando constantemente antígenos propios (1 y 2 en la figura).
Los linfocitos que han iniciado su maduración en la corteza tímica van adquiriendo sucesivamente diversos marcadores CD además de los TCR con las distintas especificidades. Inicialmente son CD8(-)CD4(-)TCR(-), luego son CD4(+)CD8(+)TCR(+) (a) etapa en la cual se produce la primera selección negativa ya que aquellos que no presentan un TCR con alta afinidad por MHC propio (b) sufrirán muerte por apoptosis (f). Aquellos linfocitos que contactan MHC propio con alta afinidad se seleccionan positivamente y siguen su proceso de maduración.

Como las especificidades han surgido al azar la poblacion linfocitaria incluirá linfocitos que reconocen antígenos propios con alta afinidad. En un segundo proceso de selección negativa, mueren (i) los linfocitos que contactan con alta afinidad a antígenos propios en MHC propio (e) y sobreviven aquellos que reconocen MHC-Antígeno propio con mediana y baja afinidad (c y d).
La selección de marcadores CD se produce por descarte.Tal es asi que si el linfocito ha sido seleccionado positivamente al reconocer MHC clase I (c), pierde la molécula CD4 y queda como CD8(+) (g). Si ha contactado con MHC clase II, pierde la molécula CD8 y queda como CD4(+) (h).

Los linfocitos seleccionados salen a la periferia y serán los encargados de reconocer MHC propio alterado por antígeno ajeno. Si son CD8(+) reconocerán antígeno en el contexto de moléculas clase I y serán responsables de la función citotóxica y supresora. Si son CD4(+) reconocerán antígeno en moléculas MHC clase II y serán cooperadores o liberadores de linfoquinas.

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