Clásicamente se ha definido antígeno como toda sustancia capaz de unirse específicamente a un anticuerpo. En la naturaleza existe una gran variedad de moléculas que son antigénicas, incluyendo moléculas simples tales como algunos carbohidratos, lípidos y hormonas y macromoléculas complejas tales como carbohidratos complejos, fosfolípidos, ácidos nucléicos y proteínas. Las macromoléculas complejas son capaces de generar una respuesta inmune por lo que se denominan inmunógenos. Las moléculas simples o haptenos pueden generar respuestas inmunes siempre que se unan a macromoléculas complejas durante la inmunización.

La zona de las macromoléculas antigénicas que se une específicamente a anticuerpos se denomina determinante antigénico o epitopo.

Los microorganismos y otras estructuras complejas presentes en el medio ambiente son consideradas desde el punto de vista de su antigenicidad como mosaicos antigénicos (a). Los componentes de membrana, cilios, organelos y otras estructuras (b), son de diversa naturaleza química y constituyen macromoléculas con múltiples epitopos. Cada epitopo es capaz de generar una respuesta inmune específica. En esta respuesta, los linfocitos T reconocen secuencias peptídicas (c) con restricción genética MHC clase I o II. Los linfocitos B reconocen directamente una conformación en las moléculas inmunogénicas (d).

De acuerdo al tipo de respuesta que los antígenos provocan se consideran las categorias de inmunógeno y tolerógeno. Los primeros dan origen a una respuesta efectora consistente en células y moléculas capaces de neutralizar o eliminar al antígeno. Los tolerogenos, al interactuar especificamente con las células del sistema inmune, originan una respuesta de memoria negativa, vale decir, ante un posterior contacto con el mismo antígeno en calidad de inmunógeno, no hay respuesta efectora.

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