El sistema inmune adaptativo reconoce "lo propio" y lo discrimina de "lo propio alterado". Esta alteración de lo propio puede ser debida a la intromisión de elementos exógenos o por cambios de origen endógeno. ¿Cómo se puede definir "lo propio"? Desde un punto de vista genético, los individuos de una misma especie comparten una estructura molecular básica al codificar el DNA una gran variedad de proteínas estructurales, reguladoras y enzimáticas. Alrededor de 110000 proteínas diferentes dan cuenta en el ser humano de la gran diversidad y complejidad de su estructura y función. Cualquier cambio que comprometa en forma importante esta estructura y función puede conducir a la enfermedad.

La mayoría de las proteínas no presentan variación en su secuencia aminoacídica entre un individuo y otro, existiendo a lo largo de la evolución una tendencia a mantener una determianda conformación estructural.

Sin embargo, un cierto porcentaje de estas macromoléculas son codificadas por genes polimórficos en la población, vale decir, presentan diferencias entre individuos de una misma especie. Tal polimorfismo genético confiere al individuo una identidad macromolecular que hace imposible que sea idéntico a otro en cuanto a su constitución genética (salvo cuando se trata de gemelos univitelinos).

La variabilidad genética debida a la existencia de genes polimórficos es una característica fundamental de las especies ya que les permite un mayor poder de adaptación a cambios que surgen en el medio ambiente.

En este contexto, es de gran importancia que cada individuo mantenga su identidad macromolecular inalterada mediante un sistema capaz de reconocer y eliminar aquello que ha cambiado. La identidad macromolecular radica principalmente en moléculas codificadas en los genes del complejo mayor de histocompatibilidad (MHC) que se expresan en la membrana de todas las células nucleadas (clase I) o de algunas células que participan en la respuesta inmune (clase II).

Las moléculas codificadas por MHC (figura) son proteínas globulares que presentan una zona hipervariable que conforma un bolsillo (centro más oscuro de la figura)) donde se inserta el péptido antigénico. Estas moléculas están permanentemente presentando péptidos propios o ajenos a linfocitos T los que reconocen la conformación del complejo formado por MHC propio y el péptido antigénico, vale decir, reconocen "lo propio alterado".

El gran polimorfismo del MHC, especialmente aquel que se expresa en la región hipervariable o bolsillo, otorga al individuo la capacidad de presentar una gran variedad de peptidos diferentes a su sistema inmune.

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